Inaugurada a 12 de outubro de 2007, abriu um novo diálogo de convergência e de comunidade, convidando à meditação, oração e comunhão. O projeto, da autoria do arquiteto grego Alexandros Tombazis (n. 1939), incorporou contributos artísticos nacionais e internacionais, estabelecendo uma articulação consciente entre arquitetura e arte.

As obras de arte do novo templo foram confiadas a criadores de referência em diversas áreas da produção artística contemporânea. Álvaro Siza-Vieira (n. 1933) pintou o painel de azulejos dedicado aos Apóstolos Pedro e Paulo, colocado no piso inferior da Igreja. Pedro Calapez (n. 1953) criou o pórtico principal. Francisco Providência (n. 1961) desenhou o nome dos Apóstolos a que são dedicadas as portas laterais do templo. O canadiano Joe Kelly gizou a parede frontal de vidro serigrafado em inúmeras línguas. O esloveno Ivan Rupnik criou o mosaico em folha de ouro, a Nova Jerusalém do Apocalipse de São João, que guarnece a parede do Presbitério. A irlandesa Catherine Green concebeu o grande crucifixo de bronze que se suspende sobre o altar. O italiano Benedetto Pietrogrande esculpiu, em mármore de carrara, a imagem de Nossa Senhora, para o Presbitério.